Trường Tiểu học - THCS - THPT Nam Sài Gòn là trường công lập hoạt động theo cơ chế tự chủ tài chính. Học sinh tham gia học tập, sinh hoạt tại trường bán trú 100%. Nhà trường chú trọng đầu tư xây dựng hệ thống bếp ăn, khu vực ăn thoáng mát, hợp vệ sinh để đảm bảo phát triển toàn diện cả về thể chất và trí tuệ cho học sinh.
Bếp ăn tập thể (tự tổ chức) của nhà trường được Ủy ban nhân dân Quận 7, Trung tâm Y tế dự phòng Quận 7 kiểm tra thường xuyên và cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn vệ sinh thực phẩm (Số cấp : 29/2014/ATTP-CNĐĐK). Bếp ăn của trường được xây dựng theo quy định "bếp ăn một chiều" từ nơi tiếp nhận đến quá trình sơ chế, quá trình chuẩn bị nấu đến khâu chia thức ăn. Đội ngũ nhân viên cấp dưỡng và bảo mẫu được tập huấn kiến thức về An toàn vệ sinh thực phẩm, khám sức khỏe và xét nghiệm định kỳ; có trình độ nhất định về sơ chế cũng như nấu ăn cho học sinh. Thực đơn của nhà trường tham khảo trên bộ thực đơn dành cho bữa ăn bán trú của học sinh thuộc dự án "Bữa ăn học đường" do Sở Giáo dục và đào tạo Tp.HCM, Trung tâm dinh dưỡng Tp.HCM và công ty Ajinomoto Việt Nam phối hợp biên soạn và xây dựng bộ thực đơn dành cho các trường có tổ chức bếp ăn bán trú cho học sinh theo tiêu chí : đáp ứng về nhu cầu năng lượng, cân bằng về dinh dưỡng, các món ăn phong phú, đa dạng, dễ chế biến từ các nguồn thực phẩm sẵn có, giá trị dinh dưỡng cao dựa trên những khuyến nghị khoa học về dinh dưỡng cho học sinh.
Công tác quản lý thực phẩm được thực hiện tốt, Nhà trường ký hợp đồng với các đơn vị cung cấp thực phẩm uy tín, có nguồn gốc rõ ràng; các thực phẩm thịt heo, bò, gà có nguồn gốc từ Vissan đạt các yêu cầu về kết quả thử nghiệm an toàn; các thực phẩm rau, củ, quả đủ điều kiện tham gia chuỗi thực phẩm an toàn, được sản xuất phù hợp Quy trình thực hành sản xuất nông nghiệp tốt (VietGAP).
Trong thời gian tới, nhà trường tiếp tục tăng cường công tác kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, nâng cấp bếp ăn, đầu tư mua sắm thêm các dụng cụ phục vụ cho công tác bán trú; tăng cường tập huấn, nâng cao kiến thức chuyên môn, nghiệp vụ cho đội ngũ nhân viên cấp dưỡng, bảo mẫu; đồng thời tiếp tục thực hiện việc giám sát thường xuyên nguồn nhập các loại thực phẩm trước khi vào bếp an nhằm đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm cũng như đảm bảo dinh dưỡng và sức khỏe cho học sinh.
